Il Santuario sorge sulle parte più alta della collina cortonese, subito sotto alla Fortezza Medicea. Fu edificato nel 1297 su progetto di Niccolò Pisano a fianco del preesistente oratorio dedicato a S.Basilio. La chiesa, rimaneggiata in varie epoche fu infine quasi del tutto rifatta da Presenti e Falcini a cominciare dal 1856 e completata nel 1897 da Castellucci; è in stile romanico-gotico. All’interno, sull’altare maggiore, è conservato in un’urna d’argento, il corpo di S. Margherita (Laviano 1249- Cortona 1297).
Santa Margherita nacque nel territorio di Perugia; e consumò la sua gioventù offendendo Dio, e tutta dedita ai piaceri mondani. Essendo stato ucciso colui, che era stato autore e compagno di ogni suo peccato, ella al vedere il verminoso, e puzzolente cadavere dello stesso, mossa efficacemente dalla Divina grazia, detestò le sue colpe, e si diede a farne la dovuta penitenza. Fu denominata Margherita da Cortona, perché in quella città, sotto la direzione dei Religiosi Francescani, vestì l’abito di Terziaria, attendendo con assiduo studio ai digiuni, alle orazioni, ed alle mortificazioni del suo corpo; rendendosi così insigne nella penitenza, come era stata gran peccatrice. Non mancò il demonio, invidioso di quel cambiamento, di tentarla con furiosi assalti; ma ella li superò tutti ricorrendo a Dio con l’orazione ed implorando il patrocinio della SS. Vergine. Resasi accetta a Dio per mezzo della penitenza, la favorì il Signore di una sublime contemplazione, del dono delle lacrime e della cognizione dei segreti dei cuori, servendosi di lei per richiamare molti a via di salute. Finalmente consumata dal fuoco del Divino amore, ed estenuata dalle penitenze, riposò in pace. (Dal P. Giunta di Bevagna).